В работе исследованы особенности организации сложившейся модели управления бюджетными организациями в сфере науки и высшего образования как источника генерации новых знаний для всей экономики, а также выявлены действующие ограничения и оценены перспективы стимулирования этих организаций и их сотрудников к деятельности по разработке и внедрению новых продуктов, услуг, бизнес-процессов и передовых технологий.