Рассмотрены теоретические и методологические подходы к формированию понятия и основ исследования экономической безопасности ведущих отечественных научных школ. Исследованы основные угрозы экономической безопасности России и ее регионам; проанализировано их появление на современном этапе, а также на различных этапах реформирования российской экономики. Рассмотрены подходы к формированию индикаторов экономической безопасности наиболее известных российских авторов; дана комплексная методика и приведены результаты диагностики экономической безопасности регионов Российской Федерации.