В монографии приведены результаты выполненных авторами научных исследований по развитию методологии информационно-аналитического обеспечения управления структурными преобразованиями в российской инновационной системе и в инновационных системах федеральных округов Российской Федерации. Наряду с традиционными эконометрическими методами прогнозирования трансформационных процессов, представлены новые подходы к анализу и прогнозированию структурных преобразований. Рассмотрен инвестиционный аспект развития инноваций в реальном секторе российской экономики, предложен графоаналитический метод анализа структуры инвестиций по сферам экономической деятельности. Изложена методика анализа и мониторинга структуры валового регионального продукта и капиталовложений на уровне федеральных округов.